不動院の前身は、一説には 南北朝の戦乱で散った武士達の霊をなぐさめるため、足利尊氏、直義公兄弟が日本六十余州に設立した安国寺の一寺であっとことに由来するとも言われています。以後、安芸安国寺守護武田氏の菩提寺として繁栄したが、戦国時代の大永年間(1521〜27)、武田氏と大内氏の戦いにより安国寺の伽藍は焼け落ちてしまいました。その後50年は藁屋に本尊薬師如来を安置したと記録されています。 戦火で荒れはてた当寺を復興したのが、戦国大名・毛利氏の使僧(また豊臣秀吉公の直臣大名)として活躍した安国寺恵瓊です。恵瓊は
慶長5(1600)年まで住持を務め天正年間(1573〜1596)を中心に寺域の伽藍、金堂、楼門、鐘楼、方丈、塔頭十二院などを復興整備を行なった(豊臣秀吉公は安国寺に寺領として一万千五百石を与えた、このような石高寺領は当時の中央社寺に比較しても破格の規模であったそうです)。
しかし、関ヶ原の戦いで西軍の恵瓊は非業の死をとげ、 恵瓊なき後、寺領は没収となり、寺運は次第に衰え、毛利氏が防長二国への国替で去った後、福島正則が芸備両国四十九万石の大名として入国。
当寺には正則の祈祷僧である宥珍(ゆうちん)が入り、住持となりました。この時、宗派を禅宗から真言宗に改め、不動明王を本坊に移して本尊とし、本坊を不動院と称し、後に当寺院全体を不動院と称するようになりました。
福島正則の後、浅野氏が新しい国主として広島に入り以後、藩政時代を通じて浅野家歴代藩主の保護を受けた。 不動院には長い歴史を物語る多くの文化財が所在している。
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